Jump to navigation
Jump to search
⊟Summary[edit | edit source]
- pan ID?: SAUPAN002335000
- symbol?: sdrC
- synonym:
- description?: serine-aspartate repeat-containing protein C
- serine-aspartate repeat-containing protein C
- sdrC protein
- fibrinogen-binding protein SdrC
- Ser-Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein-binding protein SdrC
- Ser-Asp rich fibrinogen-binding, bone sialoprotein-binding protein
- YSIRK-type signal peptide-containing protein
- Adhesin of unknown specificity SdrC
- adhesin SdrC
- cell wall anchor domain-containing protein
- Fibronectin-binding protein
- LPXTG-motif cell wall anchor domain-containing protein
- pseudogene
- putative surface anchored protein
- Ser-Asp rich fibrinogen-binding bone sialoprotein-binding protein
descriptions from strain specific annotations:
- strand?: +
- coordinates?: 2853568..2857378
- synteny block?: BlockID0016340
- occurrence?: in 97% of 33 strains
⊟Orthologs[edit | edit source]
04-02981:
SA2981_0538 (sdrC)
08BA02176:
C248_0636 (sdrC)
11819-97:
MS7_0551 (sdrC)
6850:
RSAU_000513 (sdrC)
71193:
ST398NM01_0636
ECT-R 2:
ECTR2_515
ED133:
SAOV_0596 (sdrC)
ED98:
SAAV_0524 (sdrC)
HO 5096 0412:
SAEMRSA15_04880 (sdrC)
JH1:
SaurJH1_0598
JH9:
SaurJH9_0584
JKD6008:
SAA6008_00568 (sdrC)
JKD6159:
SAA6159_00515 (sdrC)
LGA251:
SARLGA251_04970 (sdrC)
M013:
M013TW_0548
MRSA252:
SAR0566 (sdrC)
MSHR1132:
—
MSSA476:
SAS0519
Mu3:
SAHV_0559 (sdrC)
Mu50:
SAV0561 (sdrC)
MW2:
MW0516 (sdrC)
RF122:
SAB0512 (sdrC)
ST398:
SAPIG0636
T0131:
SAT0131_00617
TCH60:
HMPREF0772_12628 (sdrC)
TW20:
SATW20_06310 (sdrC)
USA300_TCH1516:
USA300HOU_0555 (sdrC)
VC40:
SAVC_02400
⊟Genome Viewer[edit | edit source]
| COL | |
| N315 | |
| NCTC8325 | |
| Newman | |
| USA300_FPR3757 |
⊟Alignments[edit | edit source]
- alignment of orthologues: CLUSTAL format alignment by MAFFT L-INS-i (v7.307)
COL MNNKKTATNRKGMIPNRLNKFSIRKYSVGTASILVGTTLIFGLSGHEAKAAEHTNGELNQ
N315 MNNKKTATNRKGMIPNRLNKFSIRKYSVGTASILVGTTLIFGLSGHEAKAAEHTNGELNQ
NCTC8325 MNNKKTATNRKGMIPNRLNKFSIRKYSVGTASILVGTTLIFGLSGHEAKAAEHTNGELNQ
Newman MNNKKTATNRKGMIPNRLNKFSIRKYSVGTASILVGTTLIFGLSGHEAKAAEHTNGELNQ
USA300_FPR3757 MNNKKTATNRKGMIPNRLNKFSIRKYSVGTASILVGTTLIFGLSGHEAKAAEHTNGELNQ
************************************************************
COL SKNETTAPSENKTTKKVDSRQLKDNTQTATADQPKVTMSDSATVKETSSNMQSPQNATAN
N315 SKNETTAPSENKTTEKVDSRQLKDNTQTATADQPKVTMSDSATVKETSSNMQSPQNATAS
NCTC8325 SKNETTAPSENKTTKKVDSRQLKDNTQTATADQPKVTMSDSATVKETSSNMQSPQNATAN
Newman SKNETTAPSENKTTKKVDSRQLKDNTQTATADQPKVTMSDSATVKETSSNMQSPQNATAN
USA300_FPR3757 SKNETTAPSENKTTKKVDSRQLKDNTQTATADQPKVTMSDSATVKETSSNMQSPQNATAN
**************:********************************************.
COL QSTTKTSNVTTNDKSSTTYSNETDKSNLTQAKDVSTTPKTTTIKPRTLNRMAVNTVAAPQ
N315 QSTTQTSNVTTNDKSSTTYSNETDKSNLTQAKNVSTTPKTTTIKQRALNRMAVNTVAAPQ
NCTC8325 QSTTKTSNVTTNDKSSTTYSNETDKSNLTQAKDVSTTPKTTTIKPRTLNRMAVNTVAAPQ
Newman QSTTKTSNVTTNDKSSTTYSNETDKSNLTQAKDVSTTPKTTTIKPRTLNRMAVNTVAAPQ
USA300_FPR3757 QSTTKTSNVTTNDKSSTTYSNETDKSNLTQAKDVSTTPKTTTIKPRTLNRMAVNTVAAPQ
****:***************************:*********** *:*************
COL QGTNVNDKVHFSNIDIAIDKGHVNQTTGKTEFWATSSDVLKLKANYTIDDSVKEGDTFTF
N315 QGTNVNDKVHFTNIDIAIDKGHVNKTTGNTEFWATSSDVLKLKANYTIDDSVKEGDTFTF
NCTC8325 QGTNVNDKVHFSNIDIAIDKGHVNQTTGKTEFWATSSDVLKLKANYTIDDSVKEGDTFTF
Newman QGTNVNDKVHFSNIDIAIDKGHVNQTTGKTEFWATSSDVLKLKANYTIDDSVKEGDTFTF
USA300_FPR3757 QGTNVNDKVHFSNIDIAIDKGHVNQTTGKTEFWATSSDVLKLKANYTIDDSVKEGDIFTF
***********:************:***:*************************** ***
COL KYGQYFRPGSVRLPSQTQNLYNAQGNIIAKGIYDSTTNTTTYTFTNYVDQYTNVRGSFEQ
N315 KYGQYFRPGSVRLPSQTQNLYNAQGNIIAKGIYDSKTNTTTYTFTNYVDQYTNVSGSFEQ
NCTC8325 KYGQYFRPGSVRLPSQTQNLYNAQGNIIAKGIYDSTTNTTTYTFTNYVDQYTNVRGSFEQ
Newman KYGQYFRPGSVRLPSQTQNLYNAQGNIIAKGIYDSTTNTTTYTFTNYVDQYTNVRGSFEQ
USA300_FPR3757 KYGQYFRPGSVRLPSQTQNLYNAQGNIIAKGIYDSTTNTTTYTFTNYVDQYTNVRGSFEQ
***********************************.****************** *****
COL VAFAKRKNATTDKTAYKMEVTLGNDTYSEEIIVDYGNKKAQPLISSTNYINNEDLSRNMT
N315 VAFAKRENATTDKTAYKMEVTLGNDTYSKDVIVDYGNQKGQQLISSTNYINNEDLSRNMT
NCTC8325 VAFAKRKNATTDKTAYKMEVTLGNDTYSEEIIVDYGNKKAQPLISSTNYINNEDLSRNMT
Newman VAFAKRKNATTDKTAYKMEVTLGNDTYSEEIIVDYGNKKAQPLISSTNYINNEDLSRNMT
USA300_FPR3757 VAFAKRKNATTDKTAYKMEVTLGNDTYSEEIIVDYGNKKAQPLISSTNYINNEDLSRNMT
******:*********************:::******:*.* ******************
COL AYVNQPKNTYTKQTFVTNLTGYKFNPNAKNFKIYEVTDQNQFVDSFTPDTSKLKDVTDQF
N315 VYVNQPKKTYTKETFVTNLTGYKFNPDAKNFKIYEVTDQNQFVDSFTPDTSKLKDVTGQF
NCTC8325 AYVNQPKNTYTKQTFVTNLTGYKFNPNAKNFKIYEVTDQNQFVDSFTPDTSKLKDVTDQF
Newman AYVNQPKNTYTKQTFVTNLTGYKFNPNAKNFKIYEVTDQNQFVDSFTPDTSKLKDVTDQF
USA300_FPR3757 AYVNQPKNTYTKQTFVTNLTGYKFNPNAKNFKIYEVTDQNQFVDSFTPDTSKLKDVTDQF
.******:****:*************:******************************.**
COL DVIYSNDNKTATVDLMKGQTSSNKQYIIQQVAYPDNSSTDNGKIDYTLDTDKTKYSWSNS
N315 DVIYSNDNKTATVDLLNGQSSSDKQYIIQQVAYPDNSSTDNGKIDYTLETQNGKSSWSNS
NCTC8325 DVIYSNDNKTATVDLMKGQTSSNKQYIIQQVAYPDNSSTDNGKIDYTLDTDKTKYSWSNS
Newman DVIYSNDNKTATVDLMKGQTSSNKQYIIQQVAYPDNSSTDNGKIDYTLDTDKTKYSWSNS
USA300_FPR3757 DVIYSNDNKTATVDLMKGQTSSNKQYIIQQVAYPDNSSTDNGKIDYTLDTDKTKYSWSNS
***************::**:**:*************************:*:: * *****
COL YSNVNGSSTANGDQKKYNLGDYVWEDTNKDGKQDANEKGIKGVYVILKDSNGKELDRTTT
N315 YSNVNGSSTANGDQKKYNLGDYVWEDTNKDGKQDANEKGIKGVYVILKDSNGKELDRTTT
NCTC8325 YSNVNGSSTANGDQKKYNLGDYVWEDTNKDGKQDANEKGIKGVYVILKDSNGKELDRTTT
Newman YSNVNGSSTANGDQKKYNLGDYVWEDTNKDGKQDANEKGIKGVYVILKDSNGKELDRTTT
USA300_FPR3757 YSNVNGSSTANGDQKKYNLGDYVWEDTNKDGKQDANEKGIKGVYVILKDSNGKELDRTTT
************************************************************
COL DENGKYQFTGLSNGTYSVEFSTPAGYTPTTANVGTDDAVDSDGLTTTGVIKDADNMTLDS
N315 DENGKYQFTGLSNGTYSVEFSTPAGYTPTTANAGTDDAVDSDGLTTTGVIKDADNMTLDS
NCTC8325 DENGKYQFTGLSNGTYSVEFSTPAGYTPTTANVGTDDAVDSDGLTTTGVIKDADNMTLDS
Newman DENGKYQFTGLSNGTYSVEFSTPAGYTPTTANVGTDDAVDSDGLTTTGVIKDADNMTLDS
USA300_FPR3757 DENGKYQFTGLSNGTYSVEFSTPAGYTPTTANVGTDDAVDSDGLTTTGVIKDADNMTLDS
********************************.***************************
COL GFYKTPKYSLGDYVWYDSNKDGKQDSTEKGIKGVKVTLQNEKGEVIGTTETDENGKYRFD
N315 GFYKTPKYSLGDYVWYDSNKDGKQDSTEKGIKGVKVTLQNEKGEVIGTTETDENGKYRFD
NCTC8325 GFYKTPKYSLGDYVWYDSNKDGKQDSTEKGIKGVKVTLQNEKGEVIGTTETDENGKYRFD
Newman GFYKTPKYSLGDYVWYDSNKDGKQDSTEKGIKGVKVTLQNEKGEVIGTTETDENGKYRFD
USA300_FPR3757 GFYKTPKYSLGDYVWYDSNKDGKQDSTEKGIKGVKVTLQNEKGEVIGTTETDENGKYRFD
************************************************************
COL NLDSGKYKVIFEKPAGLTQTGTNTTEDDKDADGGEVDVTITDHDDFTLDNGYYEEETSDS
N315 NLDSGKYKVIFEKPAGLTQTGTNTTEDDKDADGGEVDVTITDHDDFTLDNGYYEEETSDS
NCTC8325 NLDSGKYKVIFEKPAGLTQTGTNTTEDDKDADGGEVDVTITDHDDFTLDNGYYEEETSDS
Newman NLDSGKYKVIFEKPAGLTQTGTNTTEDDKDADGGEVDVTITDHDDFTLDNGYYEEETSDS
USA300_FPR3757 NLDSGKYKVIFEKPAGLTQTGTNTTEDDKDADGGEVDVTITDHDDFTLDNGYYEEETSDS
************************************************************
COL DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD------SDSDSDS
N315 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSESDSDSDS
NCTC8325 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD------SDSDSDS
Newman DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSN------SDSDSDS
USA300_FPR3757 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD------SDSDSDS
**********************************************: *******
COL DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS------------------------
N315 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS------------------------
NCTC8325 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
Newman DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS------------------------
USA300_FPR3757 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS------------------------
************************************
COL ------------------------DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
N315 ------------------------DSDSDSDNDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
NCTC8325 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDNDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
Newman ------------------------DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
USA300_FPR3757 ------------------------DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
*******.****************************
COL DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDNDSDSDSDSDSDAGKHTPAKPMSTVKDQHKT
N315 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDAGKHTPTKPMSTVKDQHKT
NCTC8325 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDNDSDSDSDSDSDAGKHTPAKPMSTVKDQHKT
Newman DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDNDSDSDSDSDSDAGKHTPAKPMSTVKDQHKT
USA300_FPR3757 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDNDSDSDSDSDSDAGKHTPAKPMSTVKDQHKT
*****************************.*****************:************
COL AKALPETGSENNNSNNGTLFGGLFAALGSLLLFGRRKKQNK
N315 AKALPETGSENNNSNNGTLFGGLFAALGSLLLFGRRKKQNK
NCTC8325 AKALPETGSENNNSNNGTLFGGLFAALGSLLLFGRRKKQNK
Newman AKALPETGSENNNSNNGTLFGGLFAALGSLLLFGRRKKQNK
USA300_FPR3757 AKALPETGSENNNSNNGTLFGGLFAALGSLLLFGRRKKQNK
*****************************************