PangenomeCOLN315NCTC8325NewmanUSA300_FPR375704-0298108BA0217611819-97685071193ECT-R 2ED133ED98HO 5096 0412JH1JH9JKD6008JKD6159LGA251M013MRSA252MSHR1132MSSA476MW2Mu3Mu50RF122ST398T0131TCH60TW20USA300_TCH1516VC40

⊟Summary

• pan ID^?: SAUPAN002779000
• symbol^?: clfA
• synonym:
• description^?: clumping factor A

  descriptions from strain specific annotations:

  • clumping factor A
  • clumping factor
  • fibrinogen-binding protein A, clumping factor
  • MSCRAMM family adhesin clumping factor ClfA
  • cell wall anchor domain-containing protein
  • Clumping factor ClfA, fibrinogen-binding protein
  • LPXTG-motif cell wall anchor domain-containing protein
  • truncated clumping factor
• strand^?: +
• coordinates^?: 3248104..3260261
• synteny block^?: BlockID0019800
• occurrence^?: in 82% of 33 strains

⊟Orthologs

COL:
SACOL0856 (clfA)
N315:
SA0742 (clfA)
NCTC8325:
SAOUHSC_00812
Newman:
NWMN_0756 (clfA)
USA300_FPR3757:
SAUSA300_0772 (clfA)
04-02981:
SA2981_0766 (clfA)
08BA02176:
—
11819-97:
MS7_0839 (clfA)
6850:
RSAU_000765 (clfA)
71193:
—
ECT-R 2:
ECTR2_739
ED133:
SAOV_0828 (clfA)
ED98:
SAAV_0757 (clfA)
HO 5096 0412:
—
JH1:
SaurJH1_0828
JH9:
SaurJH9_0812
JKD6008:
SAA6008_00803
JKD6159:
SAA6159_00743
LGA251:
SARLGA251_07190 (clfA)
M013:
M013TW_0777
MRSA252:
—
MSHR1132:
SAMSHR1132_07360
MSSA476:
SAS0752
Mu3:
SAHV_0807 (fnb)
Mu50:
SAV0811 (fnb)
MW2:
MW0764 (clfA)
RF122:
SAB0744 (clfA)
ST398:
—
T0131:
SAT0131_00886
TCH60:
—
TW20:
SATW20_08620 (clfA)
USA300_TCH1516:
USA300HOU_0819 (clfA)
VC40:
SAVC_03580

⊟Genome Viewer

COL
N315
NCTC8325
Newman
USA300_FPR3757

⊟Alignments

• alignment of orthologues:
  CLUSTAL format alignment by MAFFT L-INS-i (v7.307)
  
  
  COL             MNMKKKEKHAIRKKSIGVASVLVGTLIGFGLLSSKEADASENSVTQSDSASNESKSNDSS
  N315            MNMKKKEKHAIRKKSIGVASVLVGTLIGFGLLSSKEADASENSVTQSDSASNESKSNDSS
  NCTC8325        MNMKKKEKHAIRKKSIGVASVLVGTLIGFGLLSSKEADASENSVTQSDSASNESKSNDSS
  Newman          MNMKKKEKHAIRKKSIGVASVLVGTLIGFGLLSSKEADASENSVTQSDSASNESKSNDSS
  USA300_FPR3757  MNMKKKEKHAIRKKSIGVASVLVGTLIGFGLLSSKEADASENSVTQSDSASNESKSNDSS
                  ************************************************************
  
  COL             SVSAAPKTDDTNVSDTKTSSNTNNGETSVAQNPAQQETTQSSSTNATTEETPVTGEATTT
  N315            SVSAAPKTDDTNVSDTKTSSNTNNGETSVAQNPAQQETTQSSSTNATTEETPVTGEATTT
  NCTC8325        SVSAAPKTDDTNVSDTKTSSNTNNGETSVAQNPAQQETTQSSSTNATTEETPVTGEATTT
  Newman          SVSAAPKTDDTNVSDTKTSSNTNNGETSVAQNPAQQETTQSSSTNATTEETPVTGEATTT
  USA300_FPR3757  SVSAAPKTDDTNVSDTKTSSNTNNGETSVAQNPAQQETTQSSSTNATTEETPVTGEATTT
                  ************************************************************
  
  COL             TTNQANTPATTQSSNTNAEELVNQTSNETTSNDTNTVSSVNSPQNSTNAENVSTTQDTST
  N315            TTNQANTPATTQSSNTNAEELVNQTSNETTSNDTNTVSSVNSPQNSTNAENVSTTQDTST
  NCTC8325        TTNQANTPATTQSSNTNAEELVNQTSNETTSNDTNTVSSVNSPQNSTNAENVSTTQDTST
  Newman          TTNQANTPATTQSSNTNAEELVNQTSNETTFNDTNTVSSVNSPQNSTNAENVSTTQDTST
  USA300_FPR3757  TTNQANTPATTQSSNTNAEELVNQTSNETTSNDTNTVSSVNSPQNSTNAENVSTTQDTST
                  ****************************** *****************************
  
  COL             EATPSNNESAPQSTDASNKDVVNQAVNTSAPRMRAFSLAAVAADAPAAGTDITNQLTNVT
  N315            EATPSNNESAPQNTDASNKDVVSQAVNPSTPRMRAFSLAAVAADAPAAGTDITNQLTDVK
  NCTC8325        EATPSNNESAPQSTDASNKDVVNQAVNTSAPRMRAFSLAAVAADAPVAGTDITNQLTNVT
  Newman          EATPSNNESAPQSTDASNKDVVNQAVNTSAPRMRAFSLAAVAADAPAAGTDITNQLTNVT
  USA300_FPR3757  EATPSNNESAPQSTDASNKDVVNQAVNTSAPRMRAFSLAAVAADAPAAGTDITNQLTNVT
                  ************.*********.****.*:****************.**********:*.
  
  COL             VGIDSGTTVYPHQAGYVKLNYGFSVPNSAVKGDTFKITVPKELNLNGVTSTAKVPPIMAG
  N315            VTIDSGTTVYPHQAGYVKLNYGFSVPNSAVKGDTFKITVPKELNLNGVTSTAKVPPIMAG
  NCTC8325        VGIDSGTTVYPHQAGYVKLNYGFSVPNSAVKGDTFKITVPKELNLNGVTSTAKVPPIMAG
  Newman          VGIDSGTTVYPHQAGYVKLNYGFSVPNSAVKGDTFKITVPKELNLNGVTSTAKVPPIMAG
  USA300_FPR3757  VGIDSGTTVYPHQAGYVKLNYGFSVPNSAVKGDTFKITVPKELNLNGVTSTAKVPPIMAG
                  * **********************************************************
  
  COL             DQVLANGVIDSDGNVIYTFTDYVNTKDDVKATLTMPAYIDPENVKKTGNVTLATGIGSTT
  N315            DQVLANGVIDSDGNVIYTFTDYVDNKENVTANITMPAYIDPENVTKTGNVTLTTGIGTNT
  NCTC8325        DQVLANGVIDSDGNVIYTFTDYVNTKDDVKATLTMPAYIDPENVKKTGNVTLATGIGSTT
  Newman          DQVLANGVIDSDGNVIYTFTDYVNTKDDVKATLTMPAYIDPENVKKTGNVTLATGIGSTT
  USA300_FPR3757  DQVLANGVIDSDGNVIYTFTDYVNTKDDVKATLTMPAYIDPENVKKTGNVTLATGIGSTT
                  ***********************:.*::*.*.:***********.*******:****:.*
  
  COL             ANKTVLVDYEKYGKFYNLSIKGTIDQIDKTNNTYRQTIYVNPSGDNVIAPVLTGNLKPNT
  N315            ASKTVLIDYEKYGQFHNLSIKGTIDQIDKTNNTYRQTIYVNPSGDNVVLPALTGNLIPNT
  NCTC8325        ANKTVLVDYEKYGKFYNLSIKGTIDQIDKTNNTYRQTIYVNPSGDNVIAPVLTGNLKPNT
  Newman          ANKTVLVDYEKYGKFYNLSIKGTIDQIDKTNNTYRQTIYVNPSGDNVIAPVLTGNLKPNT
  USA300_FPR3757  ANKTVLVDYEKYGKFYNLSIKGTIDQIDKTNNTYRQTIYVNPSGDNVIAPVLTGNLKPNT
                  *.****:******:*:*******************************: *.***** ***
  
  COL             DSNALIDQQNTSIKVYKVDNAADLSESYFVNPENFEDVTNSVNITFPNPNQYKVEFNTPD
  N315            KSNALIDAKNTDIKVYRVDNANDLSESYYVNPSDFEDVTNQVRISFPNANQYKVEFPTDD
  NCTC8325        DSNALIDQQNTSIKVYKVDNAADLSESYFVNPENFEDVTNSVNITFPNPNQYKVEFNTPD
  Newman          DSNALIDQQNTSIKVYKVDNAADLSESYFVNPENFEDVTNSVNITFPNPNQYKVEFNTPD
  USA300_FPR3757  DSNALIDQQNTSIKVYKVDNAADLSESYFVNPENFEDVTNSVNITFPNPNQYKVEFNTPD
                  .****** :**.****:**** ******:***.:******.*.*:***.******* * *
  
  COL             DQITTPYIVVVNGHIDPNSKGDLALRSTLYGYNSNIIWRSMSWDNEVAFNNGSGSGDGID
  N315            DQITTPYIVVVNGHIDPASTGDLALRSTFYGYDSNFIWRSMSWDNEVAFNNGSGSGDGID
  NCTC8325        DQITTPYIVVVNGHIDPNSKGDLALRSTLYGYNSNIIWRSMSWDNEVAFNNGSGSGDGID
  Newman          DQITTPYIVVVNGHIDPNSKGDLALRSTLYGYNSNIIWRSMSWDNEVAFNNGSGSGDGID
  USA300_FPR3757  DQITTPYIVVVNGHIDPNSKGDLALRSTLYGYNSNIIWRSMSWDNEVAFNNGSGSGDGID
                  ***************** *.********:***:**:************************
  
  COL             KPVVPEQPDEPGEIEPIPEDSDSDPGSDSGSDSNSDSGSDSGSDSTSDSGSDSASDSDSA
  N315            KPVVPEQPDEPGEIEPIPEDSDSDPGSDSGSDSNSDSGSDSGSDSTSDSGSDSASDSDSA
  NCTC8325        KPVVPEQPDEPGEIEPIPEDSDSDPGSDSGSDSNSDSGSDSGSDSTSDSGSDSASDSDSA
  Newman          KPVVPEQPDEPGEIEPIPEDSDSDPGSDSGSDSNSDSGSDSGSDSTSDSGSDSASDSDSA
  USA300_FPR3757  KPVVPEQPDEPGEIEPIPEDSDSDPGSDSGSDSNSDSGSDSGSDSTSDSGSDSASDSDSA
                  ************************************************************
  
  COL             SDSDSASDSDSASDSDSASDSD--------------------------------------
  N315            SDSDSASDSDSASDSDSASDSDSASDSDSASDSDSASDSDSASDSDSASDSDSASDSDSA
  NCTC8325        SDSDSASDSDSASDSDSASDSD--------------------------------------
  Newman          SDSDSASDSDSASDSDSASDSD--------------------------------------
  USA300_FPR3757  SDSDSASDSDSASDSDSASDSD--------------------------------------
                  **********************                                      
  
  COL             ------SDNDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
  N315            SDSDSASDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
  NCTC8325        ------SDNDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
  Newman          ------SDNDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
  USA300_FPR3757  ------SDNDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
                        **.***************************************************
  
  COL             SDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
  N315            SDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
  NCTC8325        SDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
  Newman          SDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
  USA300_FPR3757  SDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
                  ************************************************************
  
  COL             SDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSASDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
  N315            SDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSASDSDSDSDSESDSDSDSD
  NCTC8325        SDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSASDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
  Newman          SDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSASDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
  USA300_FPR3757  SDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSASDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSD
                  ******************************* ********* *********:********
  
  COL             SDSDSDSDSDSESDSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSASDSDSGSDSDSSSDS---
  N315            SDSDSDSDSDSDSDSESDSDSDSDSDSESDSDSDSDSDSDSASDSDSGSDSDSSSDSDSD
  NCTC8325        SDSDSD------SDSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSASDSDSGSDSDSSSDS---
  Newman          SDSDSDSDSDSESDSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSASDSDSGSDSDSSSDS---
  USA300_FPR3757  SDSDSDSDSDSESDSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSASDSDSGSDSDSSSDS---
                  ******      ***:*:*********:*****************************   
  
  COL             ---------DSESDSNSDSESGSNNNVVPPNSPKNGTNASNKNEAKDSKEPLPDTGSEDE
  N315            STSDTGSDNDSDSDSNSDSESGSNNNVVPPNSPKNGTNASNKNEAKDSKEPLPDTGSEDE
  NCTC8325        ---------DSESDSNSDSESVSNNNVVPPNSPKNGTNASNKNEAKDSKEPLPDTGSEDE
  Newman          ---------DSESDSNSDSESGSNNNVVPPNSPKNGTNASNKNEAKDSKEPLPDTGSEDE
  USA300_FPR3757  ---------DSESDSNSDSESGSNNNVVPPNSPKNGTNASNKNEAKDSKEPLPDTGSEDE
                           **:********* **************************************
  
  COL             ANTSLIWGLLASIGSLLLFRRKKENKDKK
  N315            ANTSLIWGLLASLGSLLLFRRKKENKDKK
  NCTC8325        ANTSLIWGLLASIGSLLLFRRKKENKDKK
  Newman          ANTSLIWGLLASIGSLLLFRRKKENKDKK
  USA300_FPR3757  ANTSLIWGLLASIGSLLLFRRKKENKDKK
                  ************:****************