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Pangenome04-0298108BA0217611819-9771193COLECT-R 2ED133ED98HO 5096 0412JH1JH9JKD6008JKD6159LGA251M013MRSA252MSHR1132MSSA476MW2Mu3Mu50N315NCTC8325NewmanRF122ST398T0131TCH60TW20USA300_FPR3757USA300_TCH1516VC40
NCBI: 26-AUG-2013

Summary[edit source | edit]

  • organism: Staphylococcus aureus N315
  • locus tag: SA1267
  • pan locus tag?: SAUPAN003876000
  • symbol: ebhA
  • pan gene symbol?: ebhA
  • synonym:
  • product: hypothetical protein

Genome View[edit source | edit]

Gene[edit source | edit]

General[edit source | edit]

  • type: CDS
  • locus tag: SA1267
  • symbol: ebhA
  • product: hypothetical protein
  • replicon: chromosome
  • strand: -
  • coordinates: 1437928..1458069
  • length: 20142
  • essential: no DEG

Accession numbers[edit source | edit]

Phenotype[edit source | edit]

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DNA sequence[edit source | edit]

  • 1
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    AAAGGTAATACATTAAATACTGCCATGGGTGCATTACGTACAAGTATCCAAAATGATAAT
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    GCAACTACATTAGATGGTGTTCAAACTGTTAAAAATAGTTCTCAAACGTTGAATACAGCG
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    ACAGAATTAAATAACGCAATGCACAGTTTACAAAATGGTATCAATGATGAGACACAAACA
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    TTAAATGAAGCTAAAGCTGCTGCGAAACAAACGTTAGGTACATTAACACACATTAATAAT
    GCACAACGTAATGCGTTAGATAATGAAATTACACAAGCAACAAATGTTGAAGGTGTTAAT
    ACAGTTAAAGCCAAAGCGCAACAATTAGATGGTGCTATGGGTCAATTAGAAACATCAATT
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    GGTCAAAACTACACAGATGCAAGTCAAAACAAACAAAATGACTACAACAATGCAGTCACT
    GCAGCAAAAGCAATCATTGGTCAAACAACTAGTCCATCAATGATTGCGCAAGAAATTAAT
    CAAGCGAAAGACCAAGTGACAGCTAAACAACAAGCGTTAAACGGTCAAGAAAACTTAAGA
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    CAACGTGGTATTAATGACGAAGCAGCTACAAAAGCAGCTCAGAAATATACTGAAGCAGAT
    AGAGATAAACAAACTGCATACAATGATGCTGTAACAGCAGCTAAAACGTTATTAGATAAA
    ACAGCTGGTTCAAATGACAATAAAGTAGCCGTTGAACAAGCATTACAACGTGTGAATACT
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    GAACGTGGTACAACTGTTGCTGGTGTTCAAGGCATCCAAGCAAATGCTGGTACTTTAAAT
    CAAGCAATGAATCAATTAAGACAAAGTATTGCTTCTAAAGATGCGACTAAATCAAGCGAA
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    GAAGGTATTATTAGTGCAACGAATAACCCTGAAATGAATCCTGATACAATTAACCAAAAA
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    AAACAAACTGCGAAATCAGATATCGGTCGTTTGACAGACTTGAACAATGCACAACGAACT
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    GCAACTGCGAAGCAACAAGCTAAAGATGCATTACGTCAAATGACACATTTATCTGATGCA
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    19740
    19800
    19860
    19920
    19980
    20040
    20100
    20142

Protein[edit source | edit]

General[edit source | edit]

  • locus tag: SA1267
  • symbol: EbhA
  • description: hypothetical protein
  • length: 6713
  • theoretical pI: 5.38132
  • theoretical MW: 722338
  • GRAVY: -0.806167

Function[edit source | edit]

  • reaction:
  • TIGRFAM:
  • TheSEED:  
    Putative Staphylococcal surface anchored protein 
  • PFAM:
    B_GA (CL0598) GA; GA module (PF01468; HMM-score: 2187.8)
    FIVAR; FIVAR domain (PF07554; HMM-score: 1776.9)
    DUF1542; Domain of Unknown Function (DUF1542) (PF07564; HMM-score: 299.5)
    TetR_C (CL0174) TetR_C_11; Bacterial transcriptional repressor C-terminal (PF16859; HMM-score: 15.2)

Structure, modifications & interactions[edit source | edit]

  • domains:
  • modifications:
  • cofactors:
  • effectors:
  • protein partners:

Localization[edit source | edit]

  • PSORTb: Cellwall
    • Cytoplasmic Score: 0
    • Cytoplasmic Membrane Score: 0
    • Cellwall Score: 9.39
    • Extracellular Score: 0.61
    • Internal Helix: 1
  • LocateP: Intracellular /TMH start AFTER 60
    • Prediction by SwissProt Classification: Cytoplasmic
    • Pathway Prediction: Possibly Sec-
    • Intracellular Possibility: 0.17
    • Signal Peptide Possibility: -1
    • N-terminally Anchored Score: 1
    • Predicted Cleavage Site: No CleavageSite
  • SignalP: no predicted signal peptide
    • Ymax: 0.194
    • Ymax_pos: 54
    • Cmax: 0.17
    • Cmax_pos: 54
    • Smax: 0.405
    • Smax_pos: 50
    • Smean: 0.173
    • D: 0.186
  • predicted transmembrane helices (TMHMM): 1

Accession numbers[edit source | edit]

Protein sequence[edit source | edit]

  • MGNLQTAINDKSGTLASQNFLDADEQKRNAYNQAISAAETILNKQTGPNTAKTAVEQALNNVNSAKHALNGTQNLNNAKQAAITAINGASDLNQKQKDALKAQANGAQRVSNANDVQRNATELNTAMGQLQHAIADKTNTLASSKYVNADSTKQNAYTTKVTNAEHIISGTPTVVTTPSEVTAAANQVNSAKQELNGDERLRVAKQNANTAIDALTQLNTPQKAKLKEQVGQANRLEDVQSVQTNGQSLNNAMKGLRDSIANETTVKASQNYTDASPNNQSTYNSAVSNAKGIINQTNNPTMDTSAITQATTQVNNAKNGLNGAENLRNAQNTAKQNLNTLSHLTNNQKSAISSQIDRAGHVSEVTAAKNAATELNAQMGNLEQAIHDQNTVKQGVNFTDADKAKRDAYTNAVSRAETILNKTQGANTSKQDVEAAIQNVTSAKNALNGDQNVTNAKNAAKNALNNLTSINNAQKRDLTTKIDQATTVAGVEAVSNTGTQLNTAMANLQNGINDKANTLASENYHDADSDKKTAYTQAVTNAENILNKNSGSNLDKAAVENALSQVTNAKGALNGNHNLEQAKSNANTTINGLQHLTTAQKDKLKQQVQQAQNVAGVDTVKSSANTLNGAMGTLRNSIQDNTATKNGQNYLDATERNKTNYNNAVDSANGVINATSNPNMDANAINQIATQVTSTKNALDGTHNLTQAKQTATNAIDGATNLNKAQKDALKAQVTSAQRVANVTSIQQTANELNTAMGQLQHGIDDENATKQTQKYRDAEQSKKTAYDQAVAAAKAILNKQTGSNSDKAAVDRALQQVTSTKDALNGDAKLAEAKAAARQNLGTLNHITNAQRTALEGQINQATTVDGVNTVKTNANTLDGAMNSLQGAINDKDATLRNQNYLDADESKRNAYTQAVTAAEGILNKQTGGNTSKADVDNALNAVTRAKAALNGAENLRNAKTSATNTINGLPNLTQLQKDNLKHQVEQAQNVVGVNGVKDKGNTLNTAMGALRTSIQNDNTTKTSQNYLDASDSNKNNYNTAVNNANGVINATNNPNMDANAINDMANQVNTTKAALNGAQNLAQAKTNATNTINNAQDLNQKQKDALKTQVNNAQRVSDANNVQHTATELNGAMTALKAAIADKERTKASGNYVNADQEKRQAYDSKVTNAENIINGTPNATLTVNDVNSAASQVNAAKTALNGDNNLRVAKEHANNTIDGLAQLNNVQKAKLKEQVQSATTLDGVQTVKNSSQTLNTAMKGLRDSIANEATIKAGQNYTDASPNNRNEYDSAVTAAKAIINQTSNPTMEPNTITQATSQVTTKEHALNGAQNLAQAKTTAKNNLNNLTSINNAQKDALTRNIDGATTVAGVNQETAKATELNNAMHSLQNGINDETQTKQTQKYLDAEPSKKSAYDQAVNAAKAILTKASGQNVDKAAVEQALQNVNSTKTALNGDAKLNEAKAAAKQTLGTLTHINNAQRNALDNEITQATNVEGVNTVKAKAQQLDGAMGQLETSIRDKDTTLQSQNYQDADDAKRTAYSQAVNAAATILNKTAGGNTPKADVERAMQAVTQANTALNGIQNLERAKQAANTAITNASDLNTKQKEALKAQVTSAGRVSAANGVEHTATELNTAMTALKRAIADKADTKASGNYVNADANKRQAYDEKVTAAEHIVSGTPTPTLTPSDVTNAATQVTNAKTQLNGNHNLEVAKQNANTAIDGLTSLNGPQKAKLKEQVGQATTLPNVQTVRDNAQTLNTAMKGLRDSIANEATIKAGQNYTDASQNKQNDYNNAVTAAKAIIGQTTSPSMIAQEINQAKDQVTAKQQALNGQENLRTAQTNAKQHLNGLSDLTNAQKDAAKRQIEGATHVNEVTQAQNNADALNTAMTNLKNGIQDQNTIKQGVNFTDADEAKRNAYTNAVTQAEQILNKAQGPNTAKDGVETALQNVQRAKNELNGNQNVANAKTTAKNALNNLTSINNAQKAALKSQIEGATTVAGVNQVSTMASELNTAMSNLQRGINDEAATKAAQKYTEADRDKQTAYNDAVTAAKTLLDKTAGSNDNKVAVEQALQRVNTAKTALNGDARLNEAKNTAKQQLATMSHLTNAQKANLTEQIERGTTVAGVQGIQANAGTLNQAMNQLRQSIASKDATKSSEDYQDANADLQNAYNDAVTNAEGIISATNNPEMNPDTINQKASQVNSAKSALNGDEKLAAAKQTAKSDIGRLTDLNNAQRTAANAEVDQAPNLAAVTAAKNKATSLNTAMGNLKHALAEKDNTKRSVNYTDADQPKQQAYDTAVTQAEAITNANGSNANETQVQAALNQLNQAKNDLNGDNKVAQAKETAKRALASYSNLNNAQSTAATSQIDNATTVADVTAAQNTANELNTAMGQLQNGINDQNTVKQQVNFTDADQGKKDAYTNAVTNAQGILDKANGQNMTKAQVEAALNQVTTAKNALNGDANVRQAKSDAKANLGTLTHLNNAQKQDLTSQIEGATTVNGVNSVKTKAQDLDGAMQRLESAIANKDQTKASENYIDADPTKKTAFDNAITQAESYLNKDHGTNKDKQAVEQAIQSVTSTENALNGDANLQCAKTEATQAIDNLTQLNTPQKTALKQQVNAAQRVSGVTDLKNSATSLNNAMDQLKQAIGDHDTIVAGGNYTNASPDKQGAYTDAYNAAKNIVNGSPNVITNAADVTAATQRVNNAETSLNGDTNLATAKQQAKDALRQMTHLSDAQKQSITGQIDSATQVTGVQSVKDNATNLDNAMNQLRNSIANKDEVKASQPYVDADTDKQNAYNTAVTSAENIINATSQPTLDPSAVTQAANQVNTNKTALNGAQNLANKKQETTANINRLSHLNNAQKQDLNTQVTNAPNISTVNQVKTKAEQLDQAMERLINGIQDKDQVKQSVNFTDADPEKQTAYNNAVTAAENIINQANGTNANQSQVEAALSTVTTTKQALNGDRKVTDAKNNANQTLSTLDNLNNAQKGAVTGNINQAHTVAEVTQAIQTAQELNTAMGNLKNSLNDKDTTLGSQNFADADPEKKNAYNEAVRNAENILNKSTGTNVPKDQVEAAMNQVNTTKAALNGTQNLEKAKQHANTAIDGLSHLTNAQKEALKQLVQQSTTVAEAQGNEQKANNVDAAMDKLRQSIADNATTKQNQNYTDASPNKKDAYNNAVTTAQGIIDQTTNPSLDPTVINQAAGQVSTSKNALNGNENLEAAKQQATQSLGSLDNLNNAQKQAVTNQINGAHTVDEANQIKQNAQNLNTAMGNLKQAIADKDATKATVNFTDADQAKQQAYNTAVTNAENIISKANGGNATQTEVEQAIQQVNAAKQALNGNANVQHAKDEATALINNSNDLNQAQKDALKQQVQNATTVAGVNNVKQTAQELNNAMTQLKQGIADKEQTKADGNFVNADSDKQNAYNQAVAKAEALISGTPDVVVTPSEITAALNKVTQAKNDLNGNTNLATAKQNVQHAIDQLPNLNQAQRDEYSKQITQATLVPNVNAIQQAATTLNDAMTQLKQGIANKAQIKGSENYHDADTDKQTAYDNAVTKAEELLKQTTNPTMDPNTIQQALTKVNDTNQALNGNQKLADAKQDAKTTLGTLDHLNDAQKQALTTQVEQAPDIATVNNVKQNAQNLNNAMTNLNNALQDKTETLNSINFTDADQAKKDDYTNAVSHAEGILSKANGSNASQTEVEQAMQRVNEAKQALNGNDNVQRAKDAAKQVITNANDLNQAQKDALKQQVDAAQTVANVNTIKQTAQDLNQAMTQLKQGIADKDQTKANGNFVNADTDKQNAYNNAVAHAEQIISGTPNANVDPQQVAQALQQVNQAKGDLNGNHNLQVAKDNANTAIDQLPNLNQPQKTALKDQVSHAELVTGVNAIKQNADALNNAMGTLKQQIQANSQVPQSVDFTQADQDKQQAYNNAANQAQQIANGTPTPVLAPDTVTKAVTTMNQAKDALNGDEKLAQAKQDALANLDTLRDLNQPQRDALRNQINQAQALATVEQTKQNAQNVNTAMGNLKQGIANKDTVKASENYHDADVDKQTAYTNAVSQAEGIINQTTNPTLNPDDITRALTQVTDAKNSLNGEAKLATEKQNAKDAVSGMTHLNDAQKQALKGQIDQSPEIATVNQVKQTATSLDQAMDQLSQAINDKDQILADGNYLNADPDKQNAYKQAVAKAEALLNKQSGTNEVQAQVESITNEVNAAKQALNGNDNLANAKQQAKQQLANLTHLNDAQKQSFESQITQAPLVTDVTTINQKAQTLDHAMELLRNSVADNQTTLASEDYHDATAQRQNDYNKAVTAANNIINQTTSPTMNPDDVNGATTQVNNTKVALDGDENLAAAKQQANNRLDQLDHLNNAQKQQLQSQITQSSDIAAVNGHKQTAESLNTAMGNLINAIADHQAVEQRGNFINADTDKQTAYNTAVNEAAAMINKQTGQNANQTEVEQAITKVQTTLQALNGDHNLQVAKTNATQAIDVLTSLNDPQKTALKDQVTAATLVTAVHQIEQNANTLNQAMHGLRQSIQDNAATKANSKYINEDQPEQQNYDQAVQAANNIINEQTATLDNNAINQVAATVNTTKAALHGDVKLQNDKDHAKQTVSQLAHLNNAQKHMEDTLIDSETTRTAVKQDLTEVQALDQLMDALQQSIADKDATRASSAYVNAEPNKKQAYDEAVQNAESIIAGLNNPTINKGNVSSATQAVISSKNALDGVERLAQDKQTAGNSLNHLDQLTPAQQQALENQINNATTRDKVAEIIAQAQALNEAMKALKESIKDQPQTEASSKFINEDQAQKDAYTQAVQHAKDLINKTTDPTLAKSIIDQATQAVTDAKNNLHGDQKLAQDKQRATETLNNLSNLNTPQRQALENQINNAATRGEVAQKLTEAQALNQAMEALRNSIQDQQQTESGSKFINEDKPQKDAYQAAVQNAKDLINQTGNPTLDKAQVEQLTHAFKQAKDNLHGDQKLADDKQHAVTDLNQ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Experimental data[edit source | edit]

  • experimentally validated: no data available

Expression & Regulation[edit source | edit]

Operon[edit source | edit]

Regulation[edit source | edit]

  • sigma factor:
  • regulator:

Transcription pattern[edit source | edit]

Protein synthesis (provided by Aureolib)[edit source | edit]

Protein stability[edit source | edit]

  • half-life: no data available

Biological Material[edit source | edit]

Mutants[edit source | edit]

Expression vector[edit source | edit]

lacZ fusion[edit source | edit]

GFP fusion[edit source | edit]

two-hybrid system[edit source | edit]

FLAG-tag construct[edit source | edit]

Antibody[edit source | edit]

Other Information[edit source | edit]

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Literature[edit source | edit]

References[edit source | edit]

Relevant publications[edit source | edit]