Jump to navigation
Jump to search
⊟Summary[edit | edit source]
- pan ID?: SAUPAN006357000
- symbol?: clfB
- synonym:
- description?: clumping factor B
- clumping factor B
- clumping factor B (ClfB)
- clumping factor B precursor
- MSCRAMM family adhesin clumping factor ClfB
- fibrinogen and keratin-10 binding surface anchored protein
- clumping factor B (Fibrinogen-binding protein B) (Fibrinogenreceptor B)
- Clumping factor ClfB, fibrinogen binding protein
- fibrinogen and keratin-10 binding surfaced anchored protein
- LPXTG-motif cell wall anchor domain-containing protein
descriptions from strain specific annotations:
- strand?: -
- coordinates?: 6390350..6394268
- synteny block?: BlockID0050660
- occurrence?: in 100% of 33 strains
⊟Orthologs[edit | edit source]
04-02981:
SA2981_2569 (clfB)
08BA02176:
C248_2698 (clfB)
11819-97:
MS7_2635 (clfB)
6850:
RSAU_002473 (clfB)
71193:
ST398NM01_2679
ECT-R 2:
ECTR2_2484
ED133:
SAOV_2679c (clfB)
ED98:
SAAV_2699 (clfB)
HO 5096 0412:
SAEMRSA15_25350 (clfB)
JH1:
SaurJH1_2710
JH9:
SaurJH9_2654
JKD6008:
SAA6008_02689 (clfB)
JKD6159:
SAA6159_02526 (clfB)
LGA251:
SARLGA251_24020 (clfB)
M013:
M013TW_2611
MRSA252:
SAR2709 (clfB)
MSHR1132:
SAMSHR1132_24540
MSSA476:
SAS2516
Mu3:
SAHV_2614 (clfB)
Mu50:
SAV2630 (clfB)
MW2:
MW2551 (clfB)
RF122:
SAB2505c (clfB)
ST398:
SAPIG2679
T0131:
SAT0131_02896 (dapA)
TCH60:
HMPREF0772_10559 (clfB)
TW20:
SATW20_27680 (clfB)
USA300_TCH1516:
USA300HOU_2630 (clfB)
VC40:
SAVC_12030
⊟Genome Viewer[edit | edit source]
| COL | |
| N315 | |
| NCTC8325 | |
| Newman | |
| USA300_FPR3757 |
⊟Alignments[edit | edit source]
- alignment of orthologues: CLUSTAL format alignment by MAFFT L-INS-i (v7.307)
COL MKKRIDYLSNKQNKYSIRRFTVGTTSVIVGATILFGIGNHQAQASEQSNDTTQSSKNNAS
N315 MKKRIDYLSNKQNKYSIRRFTVGTTSVIVGATILFGIGNHQAQASEQSNDTTQSSKNNAS
NCTC8325 MKKRIDYLSNKQNKYSIRRFTVGTTSVIVGATILFGIGNHQAQASEQSNDTTQSSKNNAS
Newman MKKRIDYLSNKQNKYSIRRFTVGTTSVIVGATILFGIGNHQAQASEQSNDTTQSSKNNAS
USA300_FPR3757 MKKRIDYLSNKQNKYSIRRFTVGTTSVIVGATILFGIGNHQAQASEQSNDTTQSSKNNAS
************************************************************
COL ADSEKNNMIETPQLNTTANDTSDISANTNSANVDSTTKPMSTQTSNTTTTEPASTNETPQ
N315 ADSEKNNMIETPQLNTTANDTSDISANTNSANVDSTTKPMSTQTSNTTTTEPASTNETPQ
NCTC8325 ADSEKNNMIETPQLNTTANDTSDISANTNSANVDSTTKPMSTQTSNTTTTEPASTNETPQ
Newman ADSEKNNMIETPQLNTTANDTSDISANTNSANVDSTTKPMSTQTSNTTTTEPASTNETPQ
USA300_FPR3757 ADSEKNNMIETPQLNTTANDTSDISANTNSANVDSTTKPMSTQTSNTTTTEPASTNETPQ
************************************************************
COL PTAIKNQATAAKMQDQTVPQEANSQVDNKTTNDANSIATNSELKNSQTLDLPQSSPQTIS
N315 PTAIKNQATAAKMQDQTVPQEANSQVDNKTTNDANSIATNSELKNSQTLDLPQSSPQTIS
NCTC8325 PTAIKNQATAAKMQDQTVPQEANSQVDNKTTNDANSIATNSELKNSQTLDLPQSSPQTIS
Newman PTAIKNQATAAKMQDQTVPQEANSQVDNKTTNDANSIATNSELKNSQTLDLPQSSPQTIS
USA300_FPR3757 PTAIKNQATAAKMQDQTVPQEANSQVDNKTTNDANSIATNSELKNSQTLDLPQSSPQTIS
************************************************************
COL NAQGTSKPSVRTRAVRSLAVAEPVVNAADAKGTNVNDKVTASNFKLEKTTFDPNQSGNTF
N315 NAQGTSKPSVRTRAVRSLAVAEPVVNAADAKGTNVNDKVTASNFKLEKTTFDPNQSGNTF
NCTC8325 NAQGTSKPSVRTRAVRSLAVAEPVVNAADAKGTNVNDKVTASNFKLEKTTFDPNQSGNTF
Newman NAQGTSKPSVRTRAVRSLAVAEPVVNAADAKGTNVNDKVTASNFKLEKTTFDPNQSGNTF
USA300_FPR3757 NAQGTSKPSVRTRAVRSLAVAEPVVNAADAKGTNVNDKVTASNFKLEKTTFDPNQSGNTF
************************************************************
COL MAANFTVTDKVKSGDYFTAKLPDSLTGNGDVDYSNSNNTMPIADIKSTNGDVVAKATYDI
N315 MAANFTVTDKVKSGDYFTAKLPDSLTGNGDVDYSNSNNTMPIADIKSTNGDVVAKATYDI
NCTC8325 MAANFTVTDKVKSGDYFTAKLPDSLTGNGDVDYSNSNNTMPIADIKSTNGDVVAKATYDI
Newman MAANFTVTDKVKSGDYFTAKLPDSLTGNGDVDYSNSNNTMPIADIKSTNGDVVAKATYDI
USA300_FPR3757 MAANFTVTDKVKSGDYFTAKLPDSLTGNGDVDYSNSNNTMPIADIKSTNGDVVAKATYDI
************************************************************
COL LTKTYTFVFTDYVNNKENINGQFSLPLFTDRAKAPKSGTYDANINIADEMFNNKITYNYS
N315 LTKTYTFVFTDYVNNKENINGQFSLPLFTDRAKAPKSGTYDANINIADEMFNNKITYNYS
NCTC8325 LTKTYTFVFTDYVNNKENINGQFSLPLFTDRAKAPKSGTYDANINIADEMFNNKITYNYS
Newman LTKTYTFVFTDYVNNKENINGQFSLPLFTDRAKAPKSGTYDANINIADEMFNNKITYNYS
USA300_FPR3757 LTKTYTFVFTDYVNNKENINGQFSLPLFTDRAKAPKSGTYDANINIADEMFNNKITYNYS
************************************************************
COL SPIAGIDKPNGANISSQIIGVDTASGQNTYKQTVFVNPKQRVLGNTWVYIKGYQDKIEES
N315 SPIAGIDKPNGANISSQIIGVDTASGQNTYKQTVFVNPKQRVLGNTWVYIKGYQDKIEES
NCTC8325 SPIAGIDKPNGANISSQIIGVDTASGQNTYKQTVFVNPKQRVLGNTWVYIKGYQDKIEES
Newman SPIAGIDKPNGANISSQIIGVDTASGQNTYKQTVFVNPKQRVLGNTWVYIKGYQDKIEES
USA300_FPR3757 SPIAGIDKPNGANISSQIIGVDTASGQNTYKQTVFVNPKQRVLGNTWVYIKGYQDKIEES
************************************************************
COL SGKVSATDTKLRIFEVNDTSKLSDSYYADPNDSNLKEVTDQFKNRIYYEHPNVASIKFGD
N315 SGKVSATDTKLRIFEVNDTSKLSDSYYADPNDSNLKEVTDQFKNRIYYEHPNVASIKFGD
NCTC8325 SGKVSATDTKLRIFEVNDTSKLSDSYYADPNDSNLKEVTDQFKNRIYYEHPNVASIKFGD
Newman SGKVSATDTKLRIFEVNDTSKLSDSYYADPNDSNLKEVTDQFKNRIYYEHPNVASIKFGD
USA300_FPR3757 SGKVSATDTKLRIFEVNDISKLSDSYYADPNDSNLKEVTDQFKNRIYYEHPNVASIKFGD
****************** *****************************************
COL ITKTYVVLVEGHYDNTGKNLKTQVIQENVDPVTNRDYSIFGWNNENVVRYGGGSADGDSA
N315 ITKTYVVLVEGHYDNTGKNLKTQVIQENVDPVTNRDYSIFGWNNENVVRYGGGSADGDSA
NCTC8325 ITKTYVVLVEGHYDNTGKNLKTQVIQENVDPVTNRDYSIFGWNNENVVRYGGGSADGDSA
Newman ITKTYVVLVEGHYDNTGKNLKTQVIQENVDPVTNRDYSIFGWNNENVVRYGGGSADGDSA
USA300_FPR3757 ITKTYVVLVEGHYDNTGKNLKTQVIQENVDPVTNRDYSIFGWNNENVVRYGGGSADGDSA
************************************************************
COL VNPKDPTPGPPVDPEPSPDPEPEPTPDPEPSPDPEPEPSPDPDPDSDSDSDSGSDSDSGS
N315 VNPKDPTPGPPVDPEPSPDPEPEPTPDPEPSPDPEPEPSPDPDPDSDSDSDSGSDSDSGS
NCTC8325 VNPKDPTPGPPVDPEPSPDPEPEPTPDPEPSPDPEPEPSPDPDPDSDSDSDSGSDSDSGS
Newman VNPKDPTPGPPVDPEPSPDPEPEPTPDPEPSPDPEPEPSPDPDPDSDSDSDSGSDSDSGS
USA300_FPR3757 VNPKDPTPGPPV--------------DPEPSPDPEPEPSPDPDPDSDSDSDSGSDSDSGS
************ **********************************
COL DSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSESDSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
N315 DSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSESDSDSESDSDSDSDSD---------------------
NCTC8325 DSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSESDSDSESDSESDSDSD---------------------
Newman DSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSESDSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
USA300_FPR3757 DSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSESDSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
********************************:******
COL DSDSESDSDSESDSESDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
N315 ---------------SDSDSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSESDSDSESDSESDSDSDSDS
NCTC8325 ---------------SDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
Newman DSDSESDSDSESDSESDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
USA300_FPR3757 DSDSESDSDSESDSESDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
*******:*****************:*****:***:*********
COL DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
N315 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSESDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
NCTC8325 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
Newman DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
USA300_FPR3757 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
****************************:*******************************
COL DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
N315 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
NCTC8325 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
Newman DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
USA300_FPR3757 DSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDSDS
************************************************************
COL RVTPPNNEQKAPSNPKGEVNHSNKVSKQHKTDALPETGDKSENTNATLFGAMMALLGSLL
N315 RVTPPNNEQKAPSNPKGEVNHSNKVSKQHKTDALPETGDKSENTNATLFGAMMALLGSLL
NCTC8325 RVTPPNNEQKAPSNPKGEVNHSNKVSKQHKTDALPETGDKSENTNATLFGAMMALLGSLL
Newman RVTPPNNEQKAPSNPKGEVNHSNKVSKQHKTDALPETGDKSENTNATLFGAMMALLGSLL
USA300_FPR3757 RVTPPNNEQKAPSNPKGEVNHSNKVSKQHKTDALPETGDKSENTNATLFGAMMALLGSLL
************************************************************
COL LFRKRKQDHKEKA
N315 LFRKRKQDHKEKA
NCTC8325 LFRKRKQDHKEKA
Newman LFRKRKQDHKEKA
USA300_FPR3757 LFRKRKQDHKEKA
*************